1988 yılında, Prof. Dr. Erhan Bişkin tarafından ülkemizin ilk Biyomühendislik Anabilim Dalı olarak Fen Bilimleri Enstitüsü bünyesinde kurulmuştur. 1992 yılında ilk yüksek lisans mezununu vermiş; 1994 yılında ilk doktora ünvanını alan mezunu aynı zamanda ülkemizin biyomühendislik alanında Doçent ünvanını alan ilk kişi olmuştur. Anabilim Dalı Başkanlığı görevini ilk olarak Prof. Dr. Oktay Beşkardeş üstlenmiş, daha sonra Prof. Dr. Erhan Bişkin ve sonrasında sırasıyla Prof. Dr. Tülin Kutsal (2009-2015), Prof. Dr. İbrahim Vargel (2015-2018), Prof. Dr. Menemşe Gümüşderelioğlu (2018-2021) ve Prof. Dr. Halil Murat Aydın (2021-2023) sürdürmüştür. Halen Anabilim Dalı Başkanlığı görevini Prof. Dr. S. Ali Tuncel yürütmektedir. Güçlü akademik kadrosunda, Mühendislik, Fen, Tıp, Eczacılık ve Diş Hekimliği Fakültelerinden olmak üzere toplam 26 profesör, 5 doçent, 2 doktor öğretim üyesi ve 1 araştırma görevlisi halen görev yapmaktadır.

H.Ü. Biyomühendislik Anabilim Dalı, bugüne kadar 260’ın üzerinde yüksek lisans ve doktora mezunu ve 620’nin üzerinde yüksek etki değerine sahip SCI yayınları ile öncü araştırmalara imza atmış, TÜBİTAK 1004 - Mükemmeliyet Merkezi Destek Programı kapsamında Yürütücü Kuruluş olarak görev yapan Üniversitemizin ilk programı olmuştur.